A szigetcsoport – a Madeira- és az Azori-szigetekkel együtt – az északi flórabirodalom (Holarktisz) Makaronézia flóraterületének része, de eredeti növényzete, a kanári babérlombú erdő mára jóformán csak La Gomera szigetén maradt meg. Az ennek megóvására létrehozott Garajonay Nemzeti Park 1986 óta Világörökség része.
Az eredeti növényzettel az eredeti állatvilág is jórészt kipusztult. Hierro szigetének óriásgyíkjait (a Gallotia simonyi faj kivételével) még a bennszülöttek irtották ki – több száz endemikus rovarfaj azonban fennmaradt.
Endemikus madárnak az erdei pinty (Fringilla coelebs) néhány alfaját tekinthetjük: